Bu aptalca bir soru, ama bildiğim kadarıyla söyleyebilirim kadar fark kenara pkcs12 sürümünde ek parametreler yok.
Dokümanlar, çıktı dosya biçimi farklıdır:
openssl_pkcs12_export() x509 depolayan ... PKCS # 12 dosya biçiminde.
openssl_x509_export() x509 saklayan ... Bir PEM kodlanmış biçimde.