Ben modülleri klasörü kullanmak gerekir düşünüyorum.

Bir modül mini Kohana uygulaması gibi, örneğin, basit bir modül olabilir

/modules/first_module/...

 config/
 classes/controller/
 classes/model/
 views/

Ne istediğinizi değilse Ancak, sadece application klasörünün altında yukarıda aynı dizin yapısını izleyin.

Update

Eğer kontrolör bir kitap dizi istiyorsanız Tamam, yani, (eğer alt klasörlerde onları istedim) öylesine gibi dışarı atabilir ... (sadece örnek ...)

controllers/books/base.php

class Controller_Books_Base extends Controller {


}

controllers/books/fiction.php

class Controller_Books_Fiction extends Controller_Books_Base {


}

Ve böylece gibi bir rota bootstrap.php

Route::set('books_fiction', 'fiction-books/<action>/<id>', array('action' => '(create|read|update|delete)', 'id' => '\d+')
->defaults(array(
'controller' => 'Books_Fiction'
));

Kitaplar ve Yazarlar için bazı örnek sınıfları.

class Model_Book {
    // crud functions
}

class Model_Author {
    // crud functions
}

class Controller_Book {
    public function view($id) {
        $book = Model::factory('Model_Book')->get($id);
        $this->template->bookDetails = $book;  
    }
}

Yani umarım başlamanıza olacak.