Bu bile mümkün mü? Özel bir rota gibi kullanarak:

$route['ajax/:any'] = "ajax/route";

Ve sonra denetleyicisi yöntemi özel ilan:

class Ajax extends Controller {

        function _route()
        {
            some code here...
        }

}

Ben bu örnek uygulamada çalışmaz biliyorum, ama fikir olsun.